Colônia significa agrupamento, aglomerado. Foi isto que
foi feito: pescadores foram agrupados de acordo com seus interesses. Para poder pescar, os pescadores eram obrigados a se matricular nas colônias.
Em 1920, foi criada a Confederação dos Pescadores do Brasil. Para conquistar a confiança dos pescadores, o Estado prestou serviços gratuitos em embarcações, doou redes, ofereceu serviços de saúde, além de ter criado escolas para os filhos dos pescadores, chamadas Escoteiros do Mar.
Na década de 1930, a organização dos pescadores passou por algumas mudanças. Os pescadores deixaram de estar subordinados ao Ministério da Marinha e passaram para o controle do Ministério da Agricultura, que elaborou o primeiro Código de Pesca, subordinando os pescadores à Divisão de Caça e Pesca.
Com a Segunda Guerra Mundial (1939-1945), os pescadores voltaram a ser subordinados à Marinha.
Na década de 1960, o novo Código de Pesca foi instituído, estabelecendo normas para o exercício da atividade da pesca. A partir de então, a organização dos pescadores retornou para a tutela do Ministério da Agricultura, que instituiu um novo e único estatuto para todas as colônias de pescadores.
Em 1985, a Confederação Nacional de Pescadores mobilizou as federações estaduais para compor um grupo denominado
“Movimento Constituinte da Pesca”, que apresentou propostas aos parlamentares, que representassem os interesses dos pescadores. Após a promulgação da nova Constituição, em 1988, as colônias foram equiparadas, em seus direitos sociais, aos sindicatos de trabalhadores rurais. As colônias passaram a ter autonomia, sem
a intervenção do Estado.